На сьогоднішній день в управлінні Держлісагентства знаходяться 15 природоохоронних установ, серед яких 6 природних заповідників, 8 національних природних парків і одне господарство – парк.
Лісові ландшафти в структурі природно-заповідного фонду України займають провідне місце, лише у лісах, що належать до сфери управління Держлісагентства, створено майже 3,3 тис. територій та об’єктів природно-заповідного фонду загальною площею 1,3 млн га. Заповідність підпорядкованих лісів становить 17,0%.
Найбільші площі заповідних територій у Волинській – 145 тисяч га, Рівненській – 121 тисяча га, Житомирській – 112 тисяч га, Чернігівській – 94 тисячі га, Львівській – 88 тисячі га, Чернівецькій – 73 тисячі га.
У 2020 році Держлісагентство погодило проєкти Указів Президента України про створення та розширення території природно-заповідного фонду за рахунок земель лісогосподарського призначення державних лісогосподарських підприємств на загальну площу 43278 га, зокрема:
«Про зміну меж території Національного природного парку «Верховинський»;
«Про зміну меж Карпатського біосферного заповідника»;
«Про створення Національного природного парку «Куяльницький»;
«Про створення Національного природного парку «Пуща Радзівіла».